W myśl ustawy o usługach zaufania oraz identyfikacji elektronicznej certyfikat kwalifikowany może być wykorzystywany tylko w celu potwierdzenia niezaprzeczalności podpisu. Tym samym tylko takie użycie klucza jest wskazane w certyfikacie. Wyklucza to zastosowanie certyfikatu kwalifikowanego w innych celach, m.in. do podpisywania poczty elektronicznej.